У відповідності до генерального плану транспортне господарство і всі споруди промислового майданчика ПрАТ «Харківська ТЕЦ-5» виконані з урахуванням роботи основного виробничого обладнання на газомазутному паливі. Основним паливом є природний газ, резервним — мазут марок М40 і М100.

Природний газ надходить на газорозподільчий пункт ТЕЦ по газопроводу діаметром 1000 мм від газорегуляторної станції № 5 Лінійного управління магістральних газопроводів «Харківтрансгаз» під тиском 12 кгс/см². Далі він подається у котельне відділення головного корпусу та на ПВК.

Мазут постачається залізничним транспортом. До складу мазутного господарства входить:

• двониткова естакада зливу мазуту з фронтом зливу – 26 цистерн;
• приймальний резервуар місткістю 1000 м³;
• три резервуари для зберігання мазуту місткістю 20 000 м³ кожний;
• насоси для перекачування мазуту та підігрівачі мазуту.

ПрАТ «Харківська ТЕЦ-5» відіграє важливу роль як підприємство, здатне достатньо швидко змінити пропорції у виробництві теплової та електричної енергії та виконує надзвичайно важливу функцію стабілізації тиску природного газу в газорозподільних мережах Харкова. Під час загострення дефіциту газу навіть епізодичне переведення ПрАТ «Харківська ТЕЦ-5» з газу на мазут рятує харківську регіональну енергосистему від колапсу.